Нейрохирургическое отделение работает с момента открытия больницы, которым заведует врач высшей категории, кандидат медицинских наук Екатерина Афанасьевна МИЗЕЦКАЯ, Отделение ежегодно оказывает круглосуточную помощь более 2000 больных. Экстренно принимаются больные с черепно-мозговыми травмами, нейрохирургической патологией, при этом используются такие методы, как нейросонография, компьютерная томография, применяется микрохирургическая техника.
Отделение является базовым для кафедры детской нейрохирургии РМАПО под руководством академика РАН и РАМН, профессора, доктора медицинских наук А.Н. Коновалова. Курирует отделение с момента его открытия профессор д.м.н. кафедры детской хирургии РМАПО Анна Аркадьевна Артарян, большую научную и практическую работу проводит доцент кафедры детской нейрохирургии РМАПО Орест Викторович Гаевой, который одновременно является ведущим хирургом отделения. На базе отделения прошли подготовку многие нейрохирурги Москвы и России, которые в настоящее время возглавляют отделения больниц.