В 1986 году, было открыто отделение экстренной и гнойной хирургии, которым руководит врач-хирург высшей категории Евгений Викторович ДВОРОВЕНКО. По настоящее время пролечено свыше 45 тысяч детей, более 20000 раз проведены хирургические вмешательства. Широко внедряются такие современные методы лечения как лапароскопическая аппендэктомия, проводится лечение гинекологической патологии, применяется диагностическая лапароскопия, УЗИ. Курирует отделение проректор по науке кафедры детской хирургии РМАПО, д.м.н., профессор Валерий Евгеньевич Щитинин.